Month: December 1971

Thermo Fisher Cloudの使い方 - デモデータの取得 –

Thermo Fisher Cloudの使い方について、マニュアルを公開します。なお、このマニュアルの公開については、Thermo Fisher SCIENTIFIC株式会社の許可を得ております。 ● Thermo Fisher Cloudに使用できるデモデータの取得 ・Thermo Fisher Cloud v2でTutorialsからデモプロジェクトを作成すると、Fileにデモデータを追加することができます。 ・デモデータは、DNAシークエンスで使用するab1ファイル以外にも、変異解析、次世代シークエンス、リアルタイムPCR等も含みます。   デモデータ取得の方法 ・ホーム画面を開きます。 ・Tutorialsから”Create a Demo Project”をクリックします。     ・下のようなメッセージが表示されます。     ・Projectを開くと、Personal Filesフォルダにデモデータが追加されます。 *追加に少し時間がかかります。       不明な点などありましたら、施設へお問い合わせ下さい。

Thermo Fisher Cloudの使い方 - 再解析 –

Thermo Fisher Cloudの使い方について、マニュアルを公開します。なお、このマニュアルの公開については、Thermo Fisher SCIENTIFIC株式会社の許可を得ております。 ● Thermo Fisher Cloudによる再解析 ・Thermo Fisher Cloudのバージョンアップ(v2)に伴い、サンプルファイルの再解析が可能になりました。 ・簡単に言うと、Quality Checkモジュールがウェブ版Sequence Scannerから、ウェブ版の簡易Sequencing Analysisへとパワーアップしました。 ・以前は再解析を行う場合、施設にあるシーケンサー付属のPC(Sequencing Analysis)で行う必要がありました。 *現在、解析用PCを機器分析室(406号室)に配備しています(より詳細な解析が可能)。興味のある方は施設までお問い合わせ下さい。 ・再解析を必要とする場面は、以下のようなケースです。  ① 蛍光由来の強いピーク(未反応の蛍光物質等)があり、かつ全体的にシグナルが低い場合  ② 最初に短い断片(プライマーダイマー等)がある場合     ・このような場合、解析ソフトが自動で解析できず、灰色で表示された塩基が続くような症状を示します。       再解析の方法 ・サンプルファイルを開きます。 ・再解析したいサンプルファイルにチェックを入れ、右上にある”ATGC”をクリックします。     ・Edit Basecalling Settingsの”Ending base and Calling Ns”において、通常はAt PCR stopにチェックが入っていますが、これを”After XXXbase”と変更します。 *XXXの数値は変更可能です(デフォルトは800base)。       再解析したデータの比較 ・再解析前のデータです。     ・再解析後のデータです。       不明な点などありましたら、施設へお問い合わせ下さい。