鹿児島大学 遺伝子実験部門

Thermo Fisher Cloudの使い方について、マニュアルを公開します。なお、このマニュアルの公開については、Thermo Fisher SCIENTIFIC株式会社の許可を得ております。

● Thermo Fisher Cloudによる再解析

・Thermo Fisher Cloudのバージョンアップ(v2)に伴い、サンプルファイルの再解析が可能になりました。
・簡単に言うと、Quality Checkモジュールがウェブ版Sequence Scannerから、ウェブ版の簡易Sequencing Analysisへとパワーアップしました。
・以前は再解析を行う場合、施設にあるシーケンサー付属のPC(Sequencing Analysis)で行う必要がありました。
＊現在、解析用PCを機器分析室(406号室)に配備しています(より詳細な解析が可能)。興味のある方は施設までお問い合わせ下さい。
・再解析を必要とする場面は、以下のようなケースです。
　① 蛍光由来の強いピーク(未反応の蛍光物質等)があり、かつ全体的にシグナルが低い場合
　② 最初に短い断片(プライマーダイマー等)がある場合
　　　
・このような場合、解析ソフトが自動で解析できず、灰色で表示された塩基が続くような症状を示します。
　　　
　

再解析の方法

・サンプルファイルを開きます。
・再解析したいサンプルファイルにチェックを入れ、右上にある”ATGC”をクリックします。
　　　
・Edit Basecalling Settingsの”Ending base and Calling Ns”において、通常はAt PCR stopにチェックが入っていますが、これを”After XXXbase”と変更します。
＊XXXの数値は変更可能です(デフォルトは800base)。
　　　
　

再解析したデータの比較

・再解析前のデータです。
　　　
・再解析後のデータです。
　　　
　
不明な点などありましたら、施設へお問い合わせ下さい。