BigDyeXを利用されてうまくいったり、全くうまくいかなかったりすることがあります。 以下は施設ML genetで流れた情報です。参考にしてみてください。 一つは ボルテックスの強さが不足していることです。 遺伝子実験施設ではTUPLEMIXER TWIN3-28N(IWAKI)を使用しています。事実、ボルテックスの強さが不足していたために読めなかったところがあり、当施設のものを使用すると読めるようになった事例があります。当施設のボルテックスを試験的に使いたい方は3F RNA実験室にありますのでご利用下さい。 もう一つが 「通常のチップを使用すると径が細すぎるためビーズが十分摘出できない」 という可能性です。 施設でもBigDyeXを使用して解析するのですが、蛍光強度が1,000オーバーすることもあれば、150程度になることが多々あります。その要因はこれだったのかも知れません。 是非お試し下さい。 X-terminatorに関しまして1/4プロトコールで行なう際の注意点を聞きましたのでお知らせします。 BigDye XTerminator 精製キットの利用方法は、以下を参照ください。 A BigDye Terminator3.1 1/4量と5X Bufferを用いて反応ボリューム20uLでシーケンス反応を行う場合は、プロトコール通りの使用量で精製します。この場合の添加量は、以下になります。 反応済みサンプル 20uL SAM溶液 90uL Xterminator溶液 20uL B BigDye Terminator3.1 1/4量で反応ボリュームも1/4の5uLでシーケンス反応を行う場合は、BDXの使用量も1/4にします。 この場合の添加量は、以下になります。 反応済みサンプル 5uL SAM溶液 22.5uL Xterminator溶液 5uL 3130等BDX専用モジュールを使いランニングする場合に、Bの条件で精製すると溶液量が少ないためサンプルインジェクションが行われなくなります。 この場合は、5X Bufferを用いて反応ボリューム20uLで反応することをお勧めいたします。（Aの条件） 反応系の変更が難しい場合は、反応後サンプルに水15uLを加えAの条件で精製してください。 ポイント： BigDye Terminator3.1 1/4量で反応する場合は、攪拌時間を短くしたほうが良い結果が得られることがあります。 10-20分程度の短い攪拌時間でもテストしてください。 重要： ボルテックスミキサーで攪拌する時は、96well Plateもしくは0.2mLチューブを使います。 1.5mL等のチューブなどでは攪拌効率が変わるため問題が起こります。（精製不良やシグナル低下）
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DNAマイクロアレイ AGCCマニュアル
2008年4月3日〜4日にかけて実施されましたDNAマイクロアレイ(Affymetrix GeneChip)の講習会について、配布しました資料をpdf化しました。 Affimetrix Genechip Command Console(AGCC)簡易マニュアル(2.4MB 学内のみアクセス可能です) これ以外のマニュアルについてはAffymetrix – Manualsよりダウンロード可能です。また、講習会の際に配布されたマニュアルはExpression Analysis Technical Manual, with Specific Protocols for Use with the Hybridization, Wash, and Stain Kit(pdf, 2.1 MB) に含まれるものになります。
蛍光顕微鏡(AX-80)の付属PCならびに撮影用デジタルカメラの更新について
遺伝子実験施設4階の形態観察室(404号室)に設置しておりますAX-80の撮影用のデジタルカメラ2機種を更新しました。 蛍光用冷却CCDカメラ(Leica DFC360FX) カラーデジタルカメラ(Leica DFC420) 仕様等についてはこちら Leica Microsystems Japan – Leica Microsystems Leica Application Suite基本モジュール 簡易マニュアル(学内のみアクセス可能) コンピューターシステムが更新されますので、今までデジタルカメラ・オリンパスDP70を利用されていた方も含め、今後同顕微鏡(AX80)による全ての利用者がアカウントを新規に作成する必要があります。そのため、利用希望者は管理室までアカウント申請について申し出るようにして下さい。その際、パスワードならびに使用方法について説明します。 なお、倒立顕微鏡(IX70)およびデジタルカメラ(DP70)は動物培養室(405号室)に移設しております。