DNAシークエンス解析サービスについて

Posted on January 22, 2007 in DNAシークエンス

利用については指導教員の承諾を受け、Webform(e-mail)で申し込みを行います。申請の受付後、サンプルをお持ち下さい。
　
　
● サービス概要

DNAシークエンス解析サービスは月・水・木の週3回実施しています。
データの送信は通常解析日の翌日(火・木・金)です。
(但し、業務の都合により結果送信が遅れることもあります)

・ABI3500xl Genetic Analyzer(キャピラリー24本タイプ)を使用します。
・約2.3時間の泳動で約800塩基(シークエンス反応が良好の場合)読むことができます。
・泳動操作はすべて施設スタッフが行います。
・申請は Webform をご利用下さい(学内のみアクセス可能)。
・要領に従い必要事項を記入し、確認ボタンを押すと確認画面になります。確認後、送信を押すと管理室宛にe-mailが送信されます。

・解析を開始する予定日時をお知らせします。
・予定日時に合わせてサンプルをお持ち下さい。
・解析終了後、e-mailでデータを圧縮後添付して送信します。

解析の順番は先着順となります。申請の受付後、センターから改めてe-mailにより連絡をします。解析日の指定はできません。

申請→予定日確認→提出 の流れを守って下さい。
　
　
● DNAサンプルの調製について

・各自の実験室での処理

エタノール沈殿による精製+脱イオンホルムアミド溶解で20μl以上、BigDyeX Terminaterによる精製で20µl以上の上澄み溶液が必要です。この量は推奨であり、時間の経過とともに蒸発することがありますので、余裕を持った容量で提出して下さい。
＊2016年3月　BigDyeX Terminater精製の上澄み量を変更(40µl以上 → 20µl以上)

また、エタノール沈殿+ホルムアミド溶解による方法の場合、溶解後は2日間程度経つと蛍光強度の低下が見られるようになります。BigDyeX Terminater精製法による場合は室温で2日間、冷蔵で10日間程度保存可能です。いずれの場合もアルミホイル等で遮光して保存して下さい。

・共同利用実験室(301号室)へ持参する

1. チューブにサンプル名を書き、施設で用意している専用ケースにサンプルチューブを移し、カバーをする。

＊チューブのネーミングでは事故等を未然に防ぐため、他の人のサンプルと区別がつくように記入して下さい。また可能な限り、連番の数字は末尾に付けて下さい。
(EX. 1,2,3…のみのネーミングの場合、他の人と区別が難しい)

2. 専用ケースのカバーに日付、氏名、サンプル数を書いた付箋を貼り、共同利用実験室(301号室)にある冷蔵庫の所定の場所に入れる。

　
　
● データについて

・ごく稀にですが、塩基配列解析結果を送付した後に、利用者から「seqファイルが見当たらないので再度送付して下さい」との問い合わせメールを頂きます。
・通常、送られた結果の中にseqファイルが無い場合は、解析結果が思わしくなく、配列として扱うことができなかった場合がほとんどです。その場合は、適切な解析ソフトウェアを使用してクロマト(波形)のファイルを表示すると、原因を明らかにする一助となるかと思われます。

・遺伝子実験施設のHPのContents内に、「13 実験・利用法」というページがあり、その中に「DNAシーケンス波形データ編集ソフトウェアについて」という記事があります。
・MAC OS、WINDOWSに対応したソフトウェアの情報を載せていますので、環境にあったものをご使用下さい。
・WINDOWSであればApplied Biosystems純正のSequence Scanner Softwareが使いやすいと思われます。このソフトウェアを使用すればab1ファイルより波形データを参照することができます(Windows XP以外にもWindows7とWindows10で動作を確認しています)。
・MACでもSequence Scanner Softwareをインストールすることが可能です。詳細は「Mac向けSequence Scanner/Peak Scanner 導入マニュアル2_PlayOnMac_kagoshima-u ver.」を参照して下さい。
・クロマトデータについてご不明な点がありましたら、施設までお気軽にお問い合わせ下さい。
　
　
● 料金等について

電気泳動料金
(学内利用者)　1サンプル　260円　＊2019年4月改定

・シークエンシングキット Big Dye Terminator v3.1(Life technologies)の分譲
　50µl　約8,300円(価格は変動、2019.4.1 現在)
＊ ×5 Sequence buffer(75μl) 1本込みの価格
＊ ×5 Sequence bufferは2本目から有償(約500円、価格は変動、2019.4.1 現在)
＊ Hi-Di Formamide(500μL）（180円、価格は変動、2019.4.1 現在)

・精製キット BigDyeX Terminator(Life technologies)の分譲
　100反応分　約22,700円(価格は変動、2019.4.1 現在)

価格はいずれも学内利用の場合です。詳細は管理室までお問い合わせ下さい。

鹿児島大学遺伝子実験部門

DNAシークエンス解析サービスについて

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