利用については指導教員の承諾を受け、Webformで申し込みを行います。申請の受付後、サンプルをお持ちください。
English version is “here“.
● サービス概要
DNAシークエンス解析サービスは月・水・木の週3回実施しています。
データの送信は通常解析日の翌日(火・木・金)です。
(但し、業務の都合により結果送信が遅れることもあります)
・ABI3500xl Genetic Analyzer(キャピラリー24本タイプ)を使用します。
・約2.3時間の泳動で約800塩基(シークエンス反応が良好の場合)読むことができます。
・泳動操作はすべて施設スタッフが行います。
・申請は Webform をご利用ください(学内のみアクセス可能)。
・要領に従い必要事項を記入し、確認ボタンを押してください。情報を確認後、送信を押すと管理室にe-mailが送信されます。
・解析を開始する予定日時をお知らせします。
・予定日時に合わせてサンプルをお持ちください。
・解析終了後、e-mailでデータを圧縮後添付して送信します。
解析の順番は先着順となります。申請の受付後、改めてe-mailにより連絡をします。解析日の指定はできません。
申請→予定日確認→提出 の流れを守ってください。
● DNAサンプルの調製について
・各自の実験室での処理
エタノール沈殿による精製+脱イオンホルムアミド溶解で20μl以上の溶解溶液が、BigDyeX Terminaterによる精製で20µl以上の上澄み溶液が必要です。この量は推奨であり、時間の経過とともに蒸発することがありますので、余裕を持った容量で提出してください。
＊2016年3月 BigDyeX Terminater精製の上澄み量を変更(40µl以上 → 20µl以上)
また、エタノール沈殿+ホルムアミド溶解による方法の場合、溶解後は2日間程度経つと蛍光強度の低下が見られるようになります。BigDyeX Terminator精製法による場合は室温で2日間、冷蔵で10日間程度保存可能です。いずれの場合もアルミホイル等で遮光した容器内で保存してください。
・共同利用実験室(301号室)へ持参する
1. チューブにサンプル名を書き、施設で用意している専用ケースにサンプルチューブを移し、カバーをする。
＊チューブのネーミングではミスを未然に防ぐため、他の人のサンプルと区別がつくように記入してください。また、連番の数字は末尾に付けてください。
(EX. 1,2,3…のみのネーミングの場合、他の人と区別が難しい)
2. 専用ケースのカバーに日付、氏名、サンプル数を書いた付箋を貼り、共同利用実験室(301号室)にある冷蔵庫の所定の場所に入れる。
● データについて
・ごく稀にですが、塩基配列解析結果を送付した後に、利用者から「seqファイルが見当たらないので再度送付してください」との問い合わせメールを頂きます。
・通常、送られた結果の中にseqファイルが無い場合は、解析結果が不良で、配列として扱うことができなかった場合がほとんどです。その場合は、適切な解析ソフトウェアを使用してクロマト(波形)のファイルを表示すると、原因を明らかにする一助となるかと思われます。
・遺伝子実験施設のHPに、「13 実験・利用法」というページがあり、その中に「DNAシーケンス波形データ編集ソフトウェアについて」という記事があります。
・MAC OS、Windowsに対応したソフトウェアの情報を載せていますので、自身のPC環境にあったものをご使用ください。
・WindowsであればLifetechnologies社のSequence Scanner Softwareが使いやすいと思われます。このソフトウェアを使用すればab1ファイルより波形データを参照することができます(Windows XP以外にもWindows7とWindows10で動作を確認しています)。
・MACでもSequence Scanner Softwareをインストールすることが可能です。詳細は「Mac向けSequence Scanner/Peak Scanner 導入マニュアル2_PlayOnMac_kagoshima-u ver.」を参照してください。
・クロマトデータについてご不明な点がありましたら、施設までお気軽にお問い合わせください。
● DNAシーケンス料金等について
解析料金：「こちら」をご参照ください。
消耗品分譲価格：「こちら」をご参照ください。
○ シークエンシングキット BigDye Terminator v3.1(Life technologies)
・×5 Sequence buffer(75µl)が1本付いてきます(2本目から有償)。
○ Hi-Di Formamide(500μL）
○ 精製キット BigDyeX Terminator(Life technologies)
価格はいずれも学内利用者の場合です。詳細は管理室までお問い合わせください。
● DNAシーケンス関連情報
DNAシーケンスに関する有益な資料や情報をホームページで公開しています。ご活用ください。
「こちら」をご参照ください。
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