技術講習会(DNAシークエンス)

Posted on  April 1, 2009  in DNAシークエンス, セミナー・講習会等

下記の要領でDNAシークエンスに関する技術講習会を開催します。
なお、希望者が多いと思われますので2回に均等になるよう振り分けます。今回のセミナーの受講を希望される方は管理室まで受講される方の名前（複数の場合はまとめて結構です）、所属、指導教員、希望の回を記入の上、メールをお送り下さい。なお、資料の関係もありますので期限を18日(水曜)までとさせて頂きます。

記

  • 開催日：2009年4月23日(木)

    • 1回目　午前10時00分～午後12時00分
    2回目　午後14時00分～午後16時00分

  • スケジュール
      1. サンプルの精製についての説明(20分)
      2. シークエンス反応についての説明(20分)
      3. 反応後の過剰なDyeの除去方法説明(BigDyeX試薬)(20分)
      4. シークエンスデータ解析についてのトラブルシュート(20分)
      5. 質疑応答(10分)
      6. 次世代シークエンサー～SOLiDシステム～の紹介(30分)
  • 場所：遺伝子実験施設　セミナー室
  • 担当：近藤真人(アプライドバイオシステムズジャパン株式会社　アプリケーションサポート)
  • 概要
    クローニングされた遺伝子断片やPCR産物などのDNA断片を精製後サンガー法の酵素反応により4色の蛍光でラベルされた反応生成物が得られる。この反応生成物を3100DNAシークエンサーおよびシーケンス解析ソフトウェアで解析することによりDNAの塩基配列を決定する。
    以上の流れがDNAシークエンス解析の大まかな流れですが、質の良いデーターを取得する為に、ステップごとにおいて、注意する点がいくつかあります。
    そこで、今回行なうトレーニングでは過去の様々なサンプルに対してのデーターを基に、より良いデーターをとる為の対処法をご提案させて頂ければと思います。
    また、最新の次世代シークエンサーの情報も合わせて行なわせて頂きます。

第23回遺伝子実験施設セミナー開催のお知らせ

Posted on  February 9, 2009  in セミナー・講習会等

下記の要領で第23回遺伝子実験施設セミナーを開催します。
多数のご参加をお待ちしております。

  • 日時 2月23日(月曜日) 午後4時から午後6時まで
  • 場所 農学部共通棟204号講義室
  • 講演1: 熱帯アジア地域に残っている伝統的農業の再評価
    講師:佐藤　雅志(さとう　ただし)
    東北大・院・生命科学　准教授
    　近年、熱帯アジア地域ではエネルギー作物や飼料用穀物の栽培を目的とした集約的農業がひろまり、焼畑などの伝統的農業が急速に消えつつある。講演では、熱帯アジア地域におけるイネ遺伝資源の調査をふまえ、伝統的農業の持続可能性について生物および作物の遺伝的多様性の面からの再評価を試みようとしている事について紹介します。
  • 講演2: イネいもち病に関する抵抗性および病原菌レースの多様性や分化に関する研究
    ―　国際農林水産業研究センターでの取り組み　―
    講師:福田　善通(ふくた　よしみち)
    生物資源領域プロジェクトリーダー（イネ安定生産プロジェクト）
    独立行政法人国際農林水産業研究センター
    　国際農林水産業研究センターでは、世界のイネの重要病害であるイネいもち病について、イネの抵抗性や病原性レースの多様性や分化に関する研究を JIRCASプロジェクト研究（イネいもち病抵抗性に関するネットワーク研究を基盤とした安定生産技術の開発）の一貫として行っている。特にアジアの地域のイネ品種の抵抗性やいもち病菌レースについて、地理的な分布の違いを、多くの外国の研究機関と共同で明らかにしてきている。今回は，一部のその結果と今後の方向について報告する。

BigDye XTerminator 精製キットについて

Posted on  February 3, 2009  in DNAシークエンス, マニュアル等

BigDyeXを利用されてうまくいったり、全くうまくいかなかったりすることがあります。
以下は施設ML genetで流れた情報です。参考にしてみてください。

  1. 一つは
    ボルテックスの強さが不足していることです。
    遺伝子実験施設ではTUPLEMIXER TWIN3-28N(IWAKI)を使用しています。事実、ボルテックスの強さが不足していたために読めなかったところがあり、当施設のものを使用すると読めるようになった事例があります。当施設のボルテックスを試験的に使いたい方は3F RNA実験室にありますのでご利用下さい。

    もう一つが
    「通常のチップを使用すると径が細すぎるためビーズが十分摘出できない」
    という可能性です。
    施設でもBigDyeXを使用して解析するのですが、蛍光強度が1,000オーバーすることもあれば、150程度になることが多々あります。その要因はこれだったのかも知れません。
    是非お試し下さい。

  2. X-terminatorに関しまして1/4プロトコールで行なう際の注意点を聞きましたのでお知らせします。

    BigDye XTerminator 精製キットの利用方法は、以下を参照ください。

    A
    BigDye Terminator3.1 1/4量と5X Bufferを用いて反応ボリューム20uLでシーケンス反応を行う場合は、プロトコール通りの使用量で精製します。この場合の添加量は、以下になります。

    反応済みサンプル 20uL
    SAM溶液 90uL
    Xterminator溶液 20uL

    B
    BigDye Terminator3.1 1/4量で反応ボリュームも1/4の5uLでシーケンス反応を行う場合は、BDXの使用量も1/4にします。
    この場合の添加量は、以下になります。

    反応済みサンプル 5uL
    SAM溶液 22.5uL
    Xterminator溶液 5uL

    3130等BDX専用モジュールを使いランニングする場合に、Bの条件で精製すると溶液量が少ないためサンプルインジェクションが行われなくなります。
    この場合は、5X Bufferを用いて反応ボリューム20uLで反応することをお勧めいたします。（Aの条件）
    反応系の変更が難しい場合は、反応後サンプルに水15uLを加えAの条件で精製してください。

    ポイント：
    BigDye Terminator3.1 1/4量で反応する場合は、攪拌時間を短くしたほうが良い結果が得られることがあります。
    10-20分程度の短い攪拌時間でもテストしてください。

    重要：
    ボルテックスミキサーで攪拌する時は、96well Plateもしくは0.2mLチューブを使います。
    1.5mL等のチューブなどでは攪拌効率が変わるため問題が起こります。（精製不良やシグナル低下）