鹿児島大学 遺伝子実験部門

遺伝子実験部門でサービスを展開している、DNAシーケンスのハンズオンセミナーを行います。

本トレーニングでは、サンガーシーケンスの反応および精製を実際に体験していただき、シーケンス反応の原理やデータ解析のポイントについて講義で解説します。

資料の準備にあたって参加者数を把握する必要がありますので、参加を希望する研究室は必ず申し込みフォームからご連絡ください。

• 日時：
  2025年7月17日(木曜)　9時30分〜16時00分
• 場所：遺伝子実験部門　学生実験室（2F）

　

• 申し込み

・事前申し込みが必要です(★ 締切 7/10(木曜))
・定員は18名で、各研究室2名までとなります(最大9研究室：先着)。時間の都合上、ピペット操作に不慣れな方の参加はできません。ご了承ください。
・申し込みは申込フォームから行います。　 ▶　”セミナー等申込フォーム”

• 内容・スケジュール

・試薬、ピペット、消耗品等は施設が準備します。
・Thermo Fisher Connectを使用できる状態にあるノートパソコンを持参してください。

■ 講義：シーケンス解析概要(反応原理)　9:30-10:30
□ 実習：BigDye Terminator(サイクルシーケンス)反応　10:30-11:00
■ 講義：シーケンス反応後の精製、シーケンサー原理紹介　11:00-12:00
　　　　昼休憩　12:00-13:00
□ 実習：BigDye X Terminator精製　13:00-14:00
□ 実習：DNAシーケンサー(3500xL) ランセット見学　14:00-14:30
■ 講義：クラウドソフトウェアでのQuality Check(紹介・使用方法)　14:30-15:00
□ 実習：トラブルシュート例紹介、ハンズオンの実施データ解析　15:00-16:00

• 注意点：

・受講者は受講日までに必ずThermoFisherアカウントを取得し、自身のノートパソコンでThermo Fisher Connectを使える状態にしてください。当日に行う時間はありません。
　＊セミナー申込後に、受講者に対してThermo Fisher Connectの資料を送付します。
・合わせて、eduroamでのインターネット接続ができるよう確認してください。
・希望者が多数の場合は、参加人数の調整を行うことがあります。
・必ずしも希望の日時にならない場合もありますので、ご了承ください。

次世代シーケンス バイオインフォマティクスのセミナーを行います。

資料の準備にあたって参加者数を把握する必要がありますので、参加を希望する研究室は必ず申し込みフォームからご連絡ください。

• 日時：2025年6月10日(火曜)　13時00分〜14時30分
• 場所：遺伝子実験部門　セミナー室（1F）

　

• 申し込み

事前申し込みが必要です(★ 締切 6/5(木))
申し込みは申込フォームから行います。　 ▶　”セミナー等申込フォーム”

• 内容：

■ 第一部
Nanopore Mk1と最新GPU用バイオ系ソフトを利用可能な小型GPUサーバの紹介
SuperAccuracyリアルタイムデータ採取と、NVIDIA Parabricks実行
（1）ゲノムサイズの大きな両生類のゲノムをリアルタイムにベースコールした事例紹介
（2）NVIDIA社製 GPU用バイオ系ソフト(Parabricks)の紹介
（3）GPUサーバを試用貸与するプログラム(期間限定試用無償貸出、もしくは本番サービス化直前の試用有償貸出)の紹介

■ 第二部
ロングリードシーケンサの現状と取得配列の有効利用について
（1）ヒト公開リード配列を使用した染色体レベルのゲノム配列取得方法とそのコストの紹介
（2）取得配列データの有効利用と必要なコスト
・微生物ゲノムのSequencingと遺伝子予測プログラム(3種類)をコスト含めて紹介
・ゲノム比較プログラムの紹介
・役に立つアノテーション付与とアノテーション検索システムの紹介
・Local BLASTツール「BLAST works」の紹介と試用

• 注意点：

・希望者が多数の場合は、参加人数の調整を行うことがあります。
・必ずしも希望の日時にならない場合もありますので、ご了承ください。