【biotools】 -software- Mascotによるデータベース検索を支援し、さらに検索によってヒットしたタンパク質あるいは既知タンパク質のアミノ酸一次配列情報をスペクトルにマッチング表示する。 またリン酸化などの翻訳後修飾の有無に関しても容易なデータ表記が可能。 一方、検索で有意なヒットが得られなかった未知ペプチドに関しては、RapiDeNovoによるDeNovoシークエンシングが可能。 【MALDI Biotyper】 -software- 簡便な試料調製、自動化された測定、及びライブラリリサーチによりバクテリア、酵母やカビなどのような微生物の同定及び分類が可能。 ワークフロー・ウィザードにより、初心者でも迅速かつ高精度な微生物同定を可能にする。 単離されたバクテリアのコロニーやその他の生物試料はMALDI サンプルターゲットに直接調製することができ、コロニー釣菌から同定まで約10分で、16s RNAシーケンス解析と高い一致率を示す。 現在約4,600菌株のライブラリ（データベース）が登録されている。 シンプルで独特なこのワークフローはほどんどの微生物に応用可能で、グラム染色やオキシターゼ活性試験、PCRのためのプライマーの選択をする必要がない。 【fleximaging】 -software- 生体組織切片等の平面的なサンプルを、2次元スキャンするように質量分析を行って得られる数千枚のスペクトルを処理することで、サンプルの中にどのような分子量がどのように局在しているのかを可視化する。 タンパク質、薬剤候補物質およびバイオマーカーの空間分布の可視化は、バイオマーカーの評価及び薬剤開発の分野において強力なツールとなる。 MALDI-TOF-MSは生体組織からダイレクトに分析できるため、迅速で信頼性の高いスクリーニングツールとして使用することが可能。 【TLC-MALDI】 -software- 薄層クロマトグラフィー（TLC）プレートに展開したサンプルを、紫外線照射や染色によってかき取り・抽出することなく直接測定する。 サンプルはリン脂質やスフィンゴ脂質などの脂質のみ測定できることが確認済み（他の化合物は試す必要有り）。 【LC-MALDI（WARP-LC）】 -software- ナノレベルのLC（EASY-nLC）で分離を行い、ブロッター（PROTEINEER fc II）により質量分析装置のターゲットにサンプリングし、質量分析装置で測定。 EASY-nLCによりピーク幅（FWHM）が3～5 秒のクロマトグラムから示すことが可能。 溶媒の補正も自動で行い、約20分でnanoLC測定を行う。 biotoolsと連動し、測定開始から45分以内で全ての同定結果をリスト化し、タンパク質消化物やペプチドのMS及びMS/MSスペクトルの注釈を表示。 PROTEINEERラインに統合することで、WARP-LCを介してLC分離から質量分析による同定までのプロテオミクスワークフローが自動化されている。 【clinprotools】 -software- 複雑なタンパク質のプロファイルから潜在的なバイオマーカーの探索を行う。 可視化ツールによって、臨床診断を行うための膨大なデータセットから簡便に比較・検証を行うことが可能。 さらに複雑なバイオマーカーパターン・モデルの発見には、高度な数学的アルゴリズムが適用。 【Top-Down Sequence】 -application- 未消化タンパクからアミノ酸配列解析情報を直接得る手法。 酵素消化タンパクを対象とする、LC-MS/MSを用いたボトムアップアプローチと比較し、迅速で簡便な配列解析が可能。 さらにコストも従来のエドマン分解によるプロテインシークエンスと比較し、用いる試薬がごく少量であるため格段に低く抑えられる。 また通常プロテインシークエンスではN端のアミノ酸のみを解析するが、この手法ではN端とC端両方の配列を同時に得ることができる。