BigDye XTerminator 精製キットについて

Posted on  February 3, 2009  in DNAシークエンス, マニュアル等

BigDyeXを利用されてうまくいったり、全くうまくいかなかったりすることがあります。
以下は施設ML genetで流れた情報です。参考にしてみてください。

  1. 一つは
    ボルテックスの強さが不足していることです。
    遺伝子実験施設ではTUPLEMIXER TWIN3-28N(IWAKI)を使用しています。事実、ボルテックスの強さが不足していたために読めなかったところがあり、当施設のものを使用すると読めるようになった事例があります。当施設のボルテックスを試験的に使いたい方は3F RNA実験室にありますのでご利用下さい。

    もう一つが
    「通常のチップを使用すると径が細すぎるためビーズが十分摘出できない」
    という可能性です。
    施設でもBigDyeXを使用して解析するのですが、蛍光強度が1,000オーバーすることもあれば、150程度になることが多々あります。その要因はこれだったのかも知れません。
    是非お試し下さい。

  2. X-terminatorに関しまして1/4プロトコールで行なう際の注意点を聞きましたのでお知らせします。

    BigDye XTerminator 精製キットの利用方法は、以下を参照ください。

    A
    BigDye Terminator3.1 1/4量と5X Bufferを用いて反応ボリューム20uLでシーケンス反応を行う場合は、プロトコール通りの使用量で精製します。この場合の添加量は、以下になります。

    反応済みサンプル 20uL
    SAM溶液 90uL
    Xterminator溶液 20uL

    B
    BigDye Terminator3.1 1/4量で反応ボリュームも1/4の5uLでシーケンス反応を行う場合は、BDXの使用量も1/4にします。
    この場合の添加量は、以下になります。

    反応済みサンプル 5uL
    SAM溶液 22.5uL
    Xterminator溶液 5uL

    3130等BDX専用モジュールを使いランニングする場合に、Bの条件で精製すると溶液量が少ないためサンプルインジェクションが行われなくなります。
    この場合は、5X Bufferを用いて反応ボリューム20uLで反応することをお勧めいたします。（Aの条件）
    反応系の変更が難しい場合は、反応後サンプルに水15uLを加えAの条件で精製してください。

    ポイント：
    BigDye Terminator3.1 1/4量で反応する場合は、攪拌時間を短くしたほうが良い結果が得られることがあります。
    10-20分程度の短い攪拌時間でもテストしてください。

    重要：
    ボルテックスミキサーで攪拌する時は、96well Plateもしくは0.2mLチューブを使います。
    1.5mL等のチューブなどでは攪拌効率が変わるため問題が起こります。（精製不良やシグナル低下）

技術講習会(イメージアナライザー)

Posted on  December 18, 2008  in セミナー・講習会等, 画像解析装置

下記の要領で発光イメージアナライザーと蛍光イメージアナライザーの技術講習会を行います。ご参加ください。

  • 演題　発光イメージアナライザーと蛍光イメージアナライザーの紹介
  • 日時　平成20年12月18日(木) 15:00〜17:50
  • 場所　遺伝子実験施設 1F セミナー室
  • 講師　和仁原様(富士フィルム)
  • 内容

    • 15:00-15:30　　ルミノ・イメージアナライザーLAS-4000EPUVminiおよび
    　　　　　　　 フルオロ・イメージアナライザーFLA-7000のご紹介
    15:40-16:40　　LAS-4000EPUVminiのデモンストレーション
    16:50-17:50　　FLA70000のデモンストレーション

  • ご自分のサンプルで試してみたい方は利用できますが、あらかじめサンプルの種類をお知らせください。
  • LAS-4000EPUVminiについてはしばらく機器分析室(4F)に設置します。

    • 問い合わせ　大進　鳩野　

    遺伝子実験施設 新利用料金の制定についての説明会開催 (開催日変更)

    Posted on  November 28, 2008  in お知らせ

    注：開催日が変更になりました。
    　フロンティアサイエンス研究推進センター(FSRC)は科学研究費等による施設利用料金の支払いを可能にするため、この資金による支払いに必要な料金の算出根拠をまとめました。現在、本部において審議されており、予定では来年度より科学研究費による支払いが可能になります。
    この科学研究費による利用料金支払いと今後施設に振り分けられる予算の関連から遺伝子実験施設ではこの機会に利用料金を全面的に見直しました。当施設は平成11年に施設の建物ができ、平成9年から11年の3年間に大型機器を導入してきました。この大型機器には4％の教育研究維持費(6,273千円 平成19年度)がついています。この予算を基に利用料金を低く抑える事ができました。しかしこの予算措置は平成21年までです。施設としては予算措置停止を目前に施設の利用に見合った料金体制を作り、運営していく事が今後施設を維持するという点で必要と考えます。利用者の皆様には負担になると思われますがご理解いただけますようよろしくお願い申し上げます。

    つきましては新利用料金についての説明会を下記の要領で開催します。施設を利用されている全ての研究代表者はご参加よろしくおねがいします。

    記

    遺伝子実験施設　新利用料金の制定についての説明会

    • 日時：12月24日(水) 15時から16時
    • 場所：遺伝子実験施設 1Fセミナー室