利用については指導教員の承諾を受け、Webform(e-mail)で申し込みを行います。申請の受付後、サンプルをお持ち下さい。 ● サービス概要 ・受託サンプル数は8サンプル単位です。端数は次の単位数に合わせて請求いたします。 ・DNAシークエンス解析サービスは月・水・木の週3回実施しています。データの送信は通常解析日の翌日(火・木・金)です。(但し、業務の都合により結果送信が遅れることもあります) 保留 ・ABI3500xl Genetic Analyzer(キャピラリー24本タイプ)を使用します。 ・約2.3時間の泳動で約800塩基(シークエンス反応が良好の場合)読むことができます。 ・サイクルシークエンス反応及び泳動操作はすべて施設スタッフが行います。 ・申請は”Webform”をご利用下さい(学内のみアクセス可能)。 ●DNAシークエンス受託解析 Premixサービス利用申請_16sample以下 ●DNAシークエンス受託解析 Premixサービス利用申請_17samples以上 ●DNAシークエンス受託解析 Premixサービス利用申請_17samples以上_Excel用 ・要領に従い必要事項を記入し、確認ボタンを押すと確認画面になります。確認後、送信を押すと管理室宛にe-mailが送信されます。 ・申請の受付後、解析を開始する予定日をお知らせします。解析日に合わせてサンプルをお持ち下さい。解析日の指定はできません。 ・解析の順番は先着順となります。 申請→解析日確認→提出 の流れを守って下さい。 ・解析終了後、e-mailでデータを圧縮後添付して送信します。 ● 提出サンプルについて ・0.2µlの8連チューブで提出して下さい。 ・画像のように「申請者のアルファベット3文字」と「通し番号」を記入します。 [ ex. 田浦 ＞ TAU ] ・端数がある場合でも8連チューブは切らずに提出して下さい。 ● 調製について ・各自の研究室での準備 ・サイクルシークエンスに使用するTemplateは精製済みのものを提出して下さい。 ・Template + Primer + H2O = 10µl となるよう、8連チューブに分注して下さい。 (10µlの反応系でサイクルシークエンスを行いますが、10µlの提出分のうち5µlを使用します。自動分注装置で行っており、チューブの種類によっては完全に吸えないことがあります。以下は5µlx2回分のようなイメージです。) ex. pGEM32f(+)、Primer M13の場合 pGEM32f(+) 200ng/µl, [Continue]
Category: DNAシークエンス
DNAシーケンスの泳動条件の変更について
現在、施設ではDNAシーケンスの泳動において、700bp未満の場合は”Fastモジュール”を、700bp以上の場合は”Standardモジュール”を使用していますが、通常はFastモジュールを優先して泳動しています。 施設で検討した結果、Fastモジュールでも約800bpは問題なく読めることが判りましたので、今後はDNAシーケンスの泳動条件を「800bp未満と800bp以上」に変更します。 ＊2021年10月20日から変更 モジュール名 配列の長さ 泳動時間 Fast 約800bp 約1時間 通常はこちらを優先 ／ 短い配列を読むとき、お急ぎのときはこちらを推奨 Standard 約900bp 約2時間 なるべく長く読みたいときはこちらを推奨 ／ 解析結果の返送が遅くなる場合が有り 施設では、月に一回、既成品(Sequencing Standard)を用いてDNAシーケンサーのチェックをFastモジュールで行っていますが、800bp以上問題なく読めています。 ＊データもありますので、お時間があればご確認下さい。 ▶ 【 Fastモジュール-DATA 】 学内限定 ▶ 【 Standardモジュール-DATA 】 学内限定 ● Performance Check(Fastモジュール使用) ● Performance Check(Standardモジュール使用)
Mac向けSequence Scanner/Peak Scanner 導入マニュアル2_PlayOnMac_kagoshima-u ver.
Sequence ScannerはDNAシークエンスの波形を確認する際に、非常に使い勝手の良い無料ツールですが、Windows用のソフトであるためこれまでMacユーザーは使用できませんでした。 前回、MacにおいてWineを利用してSequence Scannerを導入する方法を紹介しましたが、MacOSのバージョンアップ(Catalina等)により使用できない状態となっていました。今回、PlayOnMacアプリケーションを使用してSequence Scannerを導入することに成功しましたので、ご報告します。 ＊公開につきましては、lifetechnologies社の許可を得ております。 【Applied Biosystems™ Sequence Scanner Software】 Sequence Scanner Softwareは、Applied Biosystems™ジェネティックアナライザで生成され、Sequencing Analysis Softwareで解析されたデータを表示、編集、印刷、およびエクスポートするがことができます。 Sequence Scannerは下記のページから入手して下さい。 サンガーシーケンシングおよびフラグメント解析ソフトウェア (ThermoFisher SCIENTIFIC) Sequence Scanner2(Windows7) ＊学内限定でダウンロード可 Sequence Scanner(WindowsXP) ＊学内限定でダウンロード可 ・以下の手順は2台のMacを使用して実際にインストールした手順になりますが、PCの環境により諸々の動作が異なっていましたので、ケースバイケースで対応して下さい。 ・インストールは管理者権限のアカウントで行って下さい。 ● 1. macOS用パッケージマネージャーであるHomebrewをインストールします。 ① 以下のページに移動します。 Homebrew ② HPの中に記載されている以下のスクリプトをコピーします。 ＊”/bin/bash”の前に半角スペースが必要。 /bin/bash -c “$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install.sh)” ③ ターミナルを開き、上記のスクリプトをペーストして実行します。 ● 2. Homebrewを使用し「xquartz」をインストールします。 ・ターミナルで以下を入力します。 brew cask install [Continue]