Category: マニュアル等

Mac向けSequence Scanner/Peak Scanner 導入マニュアル2_PlayOnMac_kagoshima-u ver.

Sequence ScannerはDNAシークエンスの波形を確認する際に、非常に使い勝手の良い無料ツールですが、Windows用のソフトであるためこれまでMacユーザーは使用できませんでした。 前回、MacにおいてWineを利用してSequence Scannerを導入する方法を紹介しましたが、MacOSのバージョンアップ(Catalina等)により使用できない状態となっていました。今回、PlayOnMacアプリケーションを使用してSequence Scannerを導入することに成功しましたので、ご報告します。 *公開につきましては、lifetechnologies社の許可を得ております。 【Applied Biosystems™ Sequence Scanner Software】 Sequence Scanner Softwareは、Applied Biosystems™ジェネティックアナライザで生成され、Sequencing Analysis Softwareで解析されたデータを表示、編集、印刷、およびエクスポートするがことができます。  Sequence Scannerは下記のページから入手して下さい。   サンガーシーケンシングおよびフラグメント解析ソフトウェア   (ThermoFisher SCIENTIFIC)  Sequence Scanner2(Windows7)  *学内限定でダウンロード可  Sequence Scanner(WindowsXP)  *学内限定でダウンロード可     ・以下の手順は2台のMacを使用して実際にインストールした手順になりますが、PCの環境により諸々の動作が異なっていましたので、ケースバイケースで対応して下さい。 ・インストールは管理者権限のアカウントで行って下さい。 ● 1. macOS用パッケージマネージャーであるHomebrewをインストールします。 ① 以下のページに移動します。   Homebrew ② HPの中に記載されている以下のスクリプトをコピーします。  *”/bin/bash”の前に半角スペースが必要。 /bin/bash -c “$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install.sh)” ③ ターミナルを開き、上記のスクリプトをペーストして実行します。 ● 2. Homebrewを使用し「xquartz」をインストールします。 ・ターミナルで以下を入力します。 brew cask install [Continue]

Mac向けPeak Scanner 導入マニュアル_kagoshima-u ver.

Peak Scannerはフラグメント解析の波形を確認する際に、非常に使い勝手の良い無料ツールですが、Windows用のソフトであるためこれまでMacユーザーは使用できませんでした。今回、MacにおいてPeak Scannerを導入する方法を確立しましたので、Macユーザーの方は是非試してみて下さい。 *公開につきましては、lifetechnologies社の許可を得ております。 【Applied Biosystems™ Peak Scanner™ Software】 Peak Scanner SoftwareはDNAサイジングソフトウェアで、このソフトウェアを用いてDNAフラグメント解析を行います。サイズに応じてDNAフラグメントを分離し、そのプロファイルを表示し、フラグメントのサイズを正確に計算します。このソフトウェアにより、Applied Biosystemsジェネティックアナライザを用いて生成されたフラグメント解析データを表示、編集、分析、印刷およびエクスポートできます。  Peak Scannerは下記のページから入手して下さい。  *旧バージョンが必要な場合は施設までお問い合わせ下さい。   サンガーシーケンシングおよびフラグメント解析ソフトウェア   (ThermoFisher SCIENTIFIC)   ● 1. 「Wine」というソフトウェアをインストールします。   *インストール方法は以下のページを参照下さい。     Wine3を利用してmacOSでWindowsアプリを動かそう   *インストールの種類で、必ず「64bit support(optional)」に✓を入れて下さい。 ● 2. サイドバーに自身のPC名が表示されていない場合は、Finderの環境設定から表示するようにします。 ● 3. 隠しフォルダを表示させるため、以下の操作を行います。   *Sequence Scannerは「.wine」という隠しフォルダ内にインストールされます。  ① ターミナルを起動し、以下のコマンドを実行します。    defaults write com.apple.finder AppleShowAllFiles TRUE  ② 設定を適用させる為に、以下のコマンドでFinderを一度終了します。    killall Finder ● 4. ダウンロードしたPeak Scannerをインストールします。   *ダブルクリックするとデフォルトでwineが選択されます。   *指示に従ってインストールを終了します(特に設定は変更しません)。 ● 5. [Continue]