技術講習会(ジャポニカアレイ ジェノタイピング)

Posted on  May 10, 2019  in DNAシークエンス, お知らせ, セミナー・講習会等

富士フイルム和光純薬社　ジャポニカアレイ ジェノタイピングに関するセミナーの開催についてお知らせします。

  • 日時：2019年5月27日(月)　14:30～15:15
  • 場所：遺伝子実験施設　セミナー室(1F)
  • 担当：東芝株式会社　ライフサイエンス推進室　西川 慧
  • 演題：日本人に特化したゲノム解析ツール ジャポニカアレイ®ジェノタイピングサービスのご紹介

    • 　

  • 概要

    • ジャポニカアレイ®は、国立大学法人東北大学 東北メディカル・メガバンク機構(ToMMo)が構築した全ゲノムリファレンスパネル(1KJPN)を基に、COI東北拠点が社会実装した日本人ゲノム解析ツールです。

    日本人に特徴的な塩基配列を持つ約66万箇所の一塩基多型(SNP：Single Nucleotide Polymorphism)を1枚のチップに搭載しており、高スループットな解析が可能です。

    ● ジャポニカアレイ®とは(特長)

    ・日本人に特化した初の日本人ゲノム解析ツール
    ・他社マイクロアレイと比較して日本人多型の割合が一番高い
    　→日本人に固有な形質・疾病等のゲノムワイド関連解析(GWAS)が可能
    ・AxiomTM(Thermo Fisher Scientific社)プラットフォームを採用
    ・約650万SNPのゲノム情報の再構成(インピュテーション)が可能
    ・HLAインピュテーションサービスが利用可能
    ・短期間、低コスト、高品質なジャポニカアレイ®ジェノタイピングサービスを提供

    • 内容

    (1) ジャポニカアレイ®とは何か？開発経緯を含めて
    (2) ジャポニカアレイ®の特長
    (3) 受託解析サービス概要／HLAインピュテーションのご紹介

  • 申し込み

    • 申し込みは申込フォームから行います。　 ▶　”セミナー申込”
    セミナーの申し込みは必須ではありませんが、申し込みをしなかった場合、想定以上の参加があったときに資料を準備できない可能性があります(資料のコピー等は行いません)。

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  • 同時開催

    • 　富士フイルム和光純薬株式会社様　機器及びカタログ(デジタルpCR)の展示
    　Crystal Digital™ PCR(クリスタルデジタルPCR)　Naica™ System

    2019年度　遺伝子実験施設 利用者登録募集

    Posted on  March 5, 2019  in お知らせ

    2019年度の利用者登録申請の受付を行います。

    ◎ 締切　★2019年度の途中登録の受付を開始しています
    　　　　　　● Link　『利用者登録について』

    締切日以降、こちらの事務手続き等によりしばらくの間は利用者登録ができなくなります。必ず締切までに申請を行って下さい。

      　2019年3月20日(水)　17時まで　

    　
    – 利用者登録について –

    遺伝子実験施設の利用には、利用者登録が必要です。

    • 登録は、前年度から継続して利用する場合も含め、毎年必要です。
    • 学生の利用は、予算管理者である研究代表者(=指導教員)の承諾(押印)が必要です。また、研究代表者も登録が必要です。
    • 登録の費用は、一人当たり年間1,000円です。
    • 新規の登録者は新規利用者説明会(1時間程度)の受講が必要です。また、入館用の指紋登録も同時に行います。
    • 継続の登録者は説明会の受講は不要です。

    　
    – 2018年度 新規利用者説明会 日程 –

    • 桜ヶ丘キャンパス等、下記振り分けに含まれていない部局についても、必ずいずれかの回に出席して下さい。
    • 都合が悪い場合は、施設までメールにてご連絡下さい。

    　
    場所：遺伝子実験施設 1F セミナー室

    日時：

    　4月5日(金) 　12:50〜 　農学部(農業生産)
    　14:30〜 　共同獣医学部
    　4月8日(月) 　12:50〜 　理学部、理工学研究科(理学系)
    　14:30〜 　工学部、理工学研究科(工学系)
    　4月9日(火) 　12:50〜 　農学部(食料生命・農林環境)
    　14:30〜 　水産学部・連大・その他


    　
    – 登録申請の手順 –

    「利用者登録申請書」を各自一通、提出して下さい。

    1. Web上の入力フォームに必要な情報を入力します。
    2. 入力された情報を確認し、問題なければ申請書発行に進みます。
    3. 入力された情報が施設のデータベースに登録されるのと同時に、申請書(PDFファイル)が生成されますので、印刷し押印の上で遺伝子実験施設まで直接か学内便で提出します。申請書の提出がないと、申請したとはみなされませんのでご注意下さい。
    • “学生用”と”教職員用”で作成フォームが異なりますのでご注意下さい。
    • 教職員の方でも予算管理者でない場合(他の人の予算で利用するなど)は、学生用から申請して下さい。
    • 申請書提出後に登録申請を取りやめたい場合は、施設まで連絡して下さい。

    　
    「施設を利用するには」、「申請書作成フォームの利用法」もあわせてご覧下さい。
    　

    　＊クリックすると拡大します。
    　　地図を載せていますので、場所がわからない方は印刷してお越し下さい。

    技術講習会(次世代シーケンサー バイオインフォマティクス)

    Posted on  December 21, 2018  in DNAシークエンス, お知らせ, セミナー・講習会等

    メイズ社　次世代シーケンサー バイオインフォマティクスに関するセミナーの開催についてお知らせします。

    • 日時：2019年1月11日(金)　14:30～16:00
    • 場所：遺伝子実験施設　セミナー室(1F)
    • 担当：メイズ株式会社　湯野川
    • 演題：配列データ解析講座

      • 　

    • 概要

      • illumina社のショートリードシーケンサの普及に加え、PacBioやNANOPOREというロングリードシーケンサの利用が進む中、これらのツールを生かして研究目的を達成するには、どのようなサンプルをどのシーケンサを使ってどの程度深くシーケンスし、どのようなデータ解析を行うべきか、事前によく検討することが重要です。

      本セミナーでは、微生物と植物、及び、動物のそれぞれについて、株間比較等の表現型と関連する遺伝子候補をピックアップする具体的な方法や、配列データを日々の実験のツールとして利用する方法について解説します。

      また、セミナー終了後は、次世代シーケンサに関する相談の時間を設けますので、すでにデータをお持ちの方、これから実験をはじめようとお考えの方、どのようなことでも結構ですので、お気軽にご相談ください。

      • 内容

    (1) 次世代シーケンサの動向と受託シーケンシングの動向
    (2) ショートリードとロングリード、長所と短所
    (3) 候補探索の方法(微生物、植物、動物)
    ・ゲノム配列比較、変異解析
    ・RNA配列の利用(発現解析、プロテオームデータベース)
    ・アミノ酸配列比較
    ・アミノ酸置換位置のヒトゲノムへの外挿
    ・蛋白質ドメイン・モチーフによる絞り込み
    ・論文ベースのパスウエイ解析(動物)
    (4) 配列データの有効利用
    ・役に立つアノテーション付与
    ・アノテーション検索システム
    (5) データ解析相談会

  • 申し込み

    • 申し込みは申込フォームから行います。　 ▶　”セミナー申込”
    セミナーの申し込みは必須ではありませんが、申し込みをしなかった場合、想定以上の参加があったときに資料を準備できない可能性があります(資料のコピー等は行いません)。

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