【トラブルシューティング事例】 ● 事例01 Sequence AnalysisまたはSequence Scanner Softwareにおいてスペーシングの値が赤い 考えられる要因 推奨される対処 Data Analysisの問題: 解析の設定がランの設定に適切であるか確認します。 ・赤色はbasecallerにスペーシングのデフォルト値が適用されていることを示している。 ・basecallerはスペーシングの推定アルゴリズムがうまくいかず、サンプルが解析できないと判断する。 ・このエラーは、データが変更したランモジュールを使用して得られた場合や、データが不良である場合に起こる可能性がある。 手動でスペーシングの値をセットし、データを再解析します。 スペーシング値を概算するために: 1. 1000スキャン地点以降でraw dataを参照します。 2. 同じ色の隣接した2つの頂点間で距離を測ります。 詳細な情報は、Sequencing Analysis Software user guideの適切な箇所を参照してください。 　 ● 事例02 混合塩基を正しく呼び出せない 考えられる要因 推奨される対処 Data Analysisの問題: 品質の閾値(threshold)設定と混合塩基の設定が解析プロトコルで正しく定義されていない。 1. 解析に使用した解析プロトコルにおける、品質の閾値設定(p.149)と混合塩基の設定(p.149)を確認します。 2. 必要であれば設定を正しくして、データを再解析します。 注意:　混合されたbase callingにおける重要な改善が、Sequencing AnalysisやKB basecallerの後継バージョンで行われています。Applied Biosystemsのウェブサイトで最新のアップデートを確認してください。 　 ● 事例03 コールされる混合塩基が多すぎる 考えられる要因 推奨される対処 Data Analysisの問題: [Continue]

【トラブルシューティング症状表】 以下の表にはトラブルシューティング症状と症状例、考えられる要因、問題解決のための対処法のための参照ページを記載しています。 症状に対して2つもしくはそれ以上の考えられる要因がある場合は、要因をグループ化し、以下の順番で記載しています。 : データ解析の問題、電気泳動の問題、シークエンス反応の問題。 表4 トラブルシューティング症状表 症状 参照 Sample Managerのエラー Sequence AnalysisもしくはSequence Scanner SoftwareにおいてSpacing(スペーシング)の値が赤になっている。 事例01 誤ったbasecalling 混ざった塩基を正しく呼び出せない。 事例02 多数の混ざった塩基が呼び出される。 事例03 予期しないシグナル シグナル無しまたは低いシグナル: ・シグナル無し p.207 ・低いシグナル p.209 ・全体的に低いシグナル p.211 予想より遅くシグナルがスタートする: 予想より遅くシグナルがスタートする: 分解能の低下無し p.213 ・予想より遅くシグナルがスタートする: 分解能の低下有り p.214 シグナル無しまたは低いシグナル: ・ネガティブ(マイナス)側のベースライン: 1色 p.216 ・ネガティブ(マイナス)側のベースライン: 4つすべての塩基 p.217 ・Waterfall(滝のような)ベースライン p.218 シグナルにおける突発的ドロップ: ・シグナルにおける突発的ドロップ: 短いテンプレートのシークエンシングの際のbasecallingストップとの合致 p.219 ・シグナルにおける突発的ドロップ: シークエンス終点のある初期の突発的ドロップ p.220 ・シグナルにおける突発的ドロップ: basecallingが続く突発的ドロップ p.221 [Continue]