Category: DNAシークエンス

DNAシーケンス受託解析アンケート

施設ではDNAシーケンス受託解析サービスを検討しており、準備のための情報を必要としています。アンケートにご協力お願いします。 ● DNAシーケンス受託解析サービスについて ・DNAシーケンス受託解析サービスとは、サイクルシーケンス反応から精製、DNAシーケンサー泳動までを一貫して施設が行うサービスです。 ・利用者はテンプレートとプライマーの混合物を提出するのみになります。 ・現在行っている通常解析と受託解析の違いは以下のようになり、ピンク色で示された部分を施設で請け負います。 ● サイクルシーケンス反応後の精製について ・施設では人件費を確保しつつ、利用しやすい受託解析価格を実現するため、エタノール/EDTA/酢酸ナトリウム精製を用いて、サイクルシーケンス反応後の精製を行う予定です。 ・画像は、実際に事前テストにおいてエタノール/EDTA/酢酸ナトリウム精製で行ったものになりますが、問題なく解析できていました。   ● 以下はアンケートになります。  

Sequence Scanner操作マニュアル_kagoshima-u ver.

*本記事は公開について、まだlifetechnologies社の許可を得ていないため、学内限定としています。 Sequence ScannerはDNAシークエンスの波形を確認する際に、非常に使い勝手の良い無料ツールです。 ●施設では、Windows11、Windows10での正常動作を確認しています。 今回はSequence Scanner2(Windows7)を用いて、Windows11でデータの確認を行いました。   【Applied Biosystems™ Sequence Scanner Software】 Sequence Scanner Softwareは、Applied Biosystems™ジェネティックアナライザで生成され、Sequencing Analysis Softwareで解析されたデータを表示、編集、印刷、およびエクスポートするがことができます。  Sequence Scannerは下記のページから入手して下さい。   サンガーシーケンシングおよびフラグメント解析ソフトウェア   (ThermoFisher SCIENTIFIC)   Sequence Scanner2(Windows7)  *学内限定でダウンロード可   Sequence Scanner(WindowsXP)  *学内限定でダウンロード可     ● 1. インストール後に「Seq Scanner2」のアイコンをクリックし、ソフトウェアを起動します。 ● 2. 「Import Trace」のアイコンをクリックし、「Add Selected Traces」で対象サンプルを追加します。  データフォルダはデスクトップ等にショートカットを置いておくと便利です。     ● 3. データがDetailに追加されます。   ● 4. サンプル名をダブルクリックするとデータが確認でき、下のタブに「Analyzed」、「Raw」、「Analyzed+Raw」、「Annotation」、「Sequence」、「EPT」があります。   ●「Analyzed」 In/Del、ヘテロ等を視覚的に確認することができます。   [Continue]

Mac向けPeak Scanner 導入マニュアル_kagoshima-u ver.

Peak Scannerはフラグメント解析の波形を確認する際に、非常に使い勝手の良い無料ツールですが、Windows用のソフトであるためこれまでMacユーザーは使用できませんでした。今回、MacにおいてPeak Scannerを導入する方法を確立しましたので、Macユーザーの方は是非試してみて下さい。 *公開につきましては、lifetechnologies社の許可を得ております。 【Applied Biosystems™ Peak Scanner™ Software】 Peak Scanner SoftwareはDNAサイジングソフトウェアで、このソフトウェアを用いてDNAフラグメント解析を行います。サイズに応じてDNAフラグメントを分離し、そのプロファイルを表示し、フラグメントのサイズを正確に計算します。このソフトウェアにより、Applied Biosystemsジェネティックアナライザを用いて生成されたフラグメント解析データを表示、編集、分析、印刷およびエクスポートできます。  Peak Scannerは下記のページから入手して下さい。  *旧バージョンが必要な場合は施設までお問い合わせ下さい。   サンガーシーケンシングおよびフラグメント解析ソフトウェア   (ThermoFisher SCIENTIFIC)   ● 1. 「Wine」というソフトウェアをインストールします。   *インストール方法は以下のページを参照下さい。     Wine3を利用してmacOSでWindowsアプリを動かそう   *インストールの種類で、必ず「64bit support(optional)」に✓を入れて下さい。 ● 2. サイドバーに自身のPC名が表示されていない場合は、Finderの環境設定から表示するようにします。 ● 3. 隠しフォルダを表示させるため、以下の操作を行います。   *Sequence Scannerは「.wine」という隠しフォルダ内にインストールされます。  ① ターミナルを起動し、以下のコマンドを実行します。    defaults write com.apple.finder AppleShowAllFiles TRUE  ② 設定を適用させる為に、以下のコマンドでFinderを一度終了します。    killall Finder ● 4. ダウンロードしたPeak Scannerをインストールします。   *ダブルクリックするとデフォルトでwineが選択されます。   *指示に従ってインストールを終了します(特に設定は変更しません)。 ● 5. [Continue]