Sequence ScannerはDNAシークエンスの波形を確認する際に、非常に使い勝手の良い無料ツールですが、Windows用のソフトであるためこれまでMacユーザーは使用できませんでした。 前回、MacにおいてWineを利用してSequence Scannerを導入する方法を紹介しましたが、MacOSのバージョンアップ(Catalina等)により使用できない状態となっていました。今回、PlayOnMacアプリケーションを使用してSequence Scannerを導入することに成功しましたので、ご報告します。 ＊公開につきましては、lifetechnologies社の許可を得ております。 【Applied Biosystems™ Sequence Scanner Software】 Sequence Scanner Softwareは、Applied Biosystems™ジェネティックアナライザで生成され、Sequencing Analysis Softwareで解析されたデータを表示、編集、印刷、およびエクスポートするがことができます。 Sequence Scannerは下記のページから入手して下さい。 サンガーシーケンシングおよびフラグメント解析ソフトウェア (ThermoFisher SCIENTIFIC) Sequence Scanner2(Windows7) ＊学内限定でダウンロード可 Sequence Scanner(WindowsXP) ＊学内限定でダウンロード可 ・以下の手順は2台のMacを使用して実際にインストールした手順になりますが、PCの環境により諸々の動作が異なっていましたので、ケースバイケースで対応して下さい。 ・インストールは管理者権限のアカウントで行って下さい。 ● 1. macOS用パッケージマネージャーであるHomebrewをインストールします。 ① 以下のページに移動します。 Homebrew ② HPの中に記載されている以下のスクリプトをコピーします。 ＊”/bin/bash”の前に半角スペースが必要。 /bin/bash -c “$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install.sh)” ③ ターミナルを開き、上記のスクリプトをペーストして実行します。 ● 2. Homebrewを使用し「xquartz」をインストールします。 ・ターミナルで以下を入力します。 brew cask install [Continue]
Category: DNAシークエンス
DNAシーケンス受託解析アンケート
施設ではDNAシーケンス受託解析サービスを検討しており、準備のための情報を必要としています。アンケートにご協力お願いします。 ● DNAシーケンス受託解析サービスについて ・DNAシーケンス受託解析サービスとは、サイクルシーケンス反応から精製、DNAシーケンサー泳動までを一貫して施設が行うサービスです。 ・利用者はテンプレートとプライマーの混合物を提出するのみになります。 ・現在行っている通常解析と受託解析の違いは以下のようになり、ピンク色で示された部分を施設で請け負います。 ● サイクルシーケンス反応後の精製について ・施設では人件費を確保しつつ、利用しやすい受託解析価格を実現するため、エタノール/EDTA/酢酸ナトリウム精製を用いて、サイクルシーケンス反応後の精製を行う予定です。 ・画像は、実際に事前テストにおいてエタノール/EDTA/酢酸ナトリウム精製で行ったものになりますが、問題なく解析できていました。 ● 以下はアンケートになります。
Sequence Scanner操作マニュアル_kagoshima-u ver.
＊本記事は公開について、まだlifetechnologies社の許可を得ていないため、学内限定としています。 Sequence ScannerはDNAシークエンスの波形を確認する際に、非常に使い勝手の良い無料ツールです。 ●施設では、Windows11、Windows10での正常動作を確認しています。 今回はSequence Scanner2(Windows7)を用いて、Windows11でデータの確認を行いました。 【Applied Biosystems™ Sequence Scanner Software】 Sequence Scanner Softwareは、Applied Biosystems™ジェネティックアナライザで生成され、Sequencing Analysis Softwareで解析されたデータを表示、編集、印刷、およびエクスポートするがことができます。 Sequence Scannerは下記のページから入手して下さい。 サンガーシーケンシングおよびフラグメント解析ソフトウェア (ThermoFisher SCIENTIFIC) Sequence Scanner2(Windows7) ＊学内限定でダウンロード可 Sequence Scanner(WindowsXP) ＊学内限定でダウンロード可 ● 1. インストール後に「Seq Scanner2」のアイコンをクリックし、ソフトウェアを起動します。 ● 2. 「Import Trace」のアイコンをクリックし、「Add Selected Traces」で対象サンプルを追加します。 データフォルダはデスクトップ等にショートカットを置いておくと便利です。 ● 3. データがDetailに追加されます。 ● 4. サンプル名をダブルクリックするとデータが確認でき、下のタブに「Analyzed」、「Raw」、「Analyzed+Raw」、「Annotation」、「Sequence」、「EPT」があります。 ●「Analyzed」 In/Del、ヘテロ等を視覚的に確認することができます。 [Continue]