Category: DNAシークエンス

DNAシークエンス解析サービスについて

利用については指導教員の承諾を受け、Webformで申し込みを行います。申請の受付後、サンプルをお持ちください。 English version is “here“.     ● サービス概要 DNAシークエンス解析サービスは月・水・木の週3回実施しています。 データの送信は通常解析日の翌日(火・木・金)です。 (但し、業務の都合により結果送信が遅れることもあります) ・ABI3500xl Genetic Analyzer(キャピラリー24本タイプ)を使用します。 ・約2.3時間の泳動で約800塩基(シークエンス反応が良好の場合)読むことができます。 ・泳動操作はすべて施設スタッフが行います。 ・申請は Webform をご利用ください(学内のみアクセス可能)。 ・要領に従い必要事項を記入し、確認ボタンを押してください。情報を確認後、送信を押すと管理室にe-mailが送信されます。 ・解析を開始する予定日時をお知らせします。 ・予定日時に合わせてサンプルをお持ちください。 ・解析終了後、e-mailでデータを圧縮後添付して送信します。 解析の順番は先着順となります。申請の受付後、改めてe-mailにより連絡をします。解析日の指定はできません。 申請→予定日確認→提出 の流れを守ってください。     ● DNAサンプルの調製について ・各自の実験室での処理 エタノール沈殿による精製+脱イオンホルムアミド溶解で20μl以上の溶解溶液が、BigDyeX Terminaterによる精製で20µl以上の上澄み溶液が必要です。この量は推奨であり、時間の経過とともに蒸発することがありますので、余裕を持った容量で提出してください。 *2016年3月 BigDyeX Terminater精製の上澄み量を変更(40µl以上 → 20µl以上) また、エタノール沈殿+ホルムアミド溶解による方法の場合、溶解後は2日間程度経つと蛍光強度の低下が見られるようになります。BigDyeX Terminator精製法による場合は室温で2日間、冷蔵で10日間程度保存可能です。いずれの場合もアルミホイル等で遮光した容器内で保存してください。 ・共同利用実験室(301号室)へ持参する 1. チューブにサンプル名を書き、施設で用意している専用ケースにサンプルチューブを移し、カバーをする。 *チューブのネーミングではミスを未然に防ぐため、他の人のサンプルと区別がつくように記入してください。また、連番の数字は末尾に付けてください。 (EX. 1,2,3…のみのネーミングの場合、他の人と区別が難しい) 2. 専用ケースのカバーに日付、氏名、サンプル数を書いた付箋を貼り、共同利用実験室(301号室)にある冷蔵庫の所定の場所に入れる。     ● データについて ・ごく稀にですが、塩基配列解析結果を送付した後に、利用者から「seqファイルが見当たらないので再度送付してください」との問い合わせメールを頂きます。 ・通常、送られた結果の中にseqファイルが無い場合は、解析結果が不良で、配列として扱うことができなかった場合がほとんどです。その場合は、適切な解析ソフトウェアを使用してクロマト(波形)のファイルを表示すると、原因を明らかにする一助となるかと思われます。 ・遺伝子実験施設のHPに、「13 [Continue]

DNAシークエンス受託解析 Premixサービスについて

利用については指導教員の承諾を受け、Webform(e-mail)で申し込みを行います。申請の受付後、サンプルをお持ち下さい。     ● サービス概要 ・受託サンプル数は8サンプル単位です。端数は次の単位数に合わせて請求いたします。 ・DNAシークエンス解析サービスは月・水・木の週3回実施しています。データの送信は通常解析日の翌日(火・木・金)です。(但し、業務の都合により結果送信が遅れることもあります) 保留 ・ABI3500xl Genetic Analyzer(キャピラリー24本タイプ)を使用します。 ・約2.3時間の泳動で約800塩基(シークエンス反応が良好の場合)読むことができます。 ・サイクルシークエンス反応及び泳動操作はすべて施設スタッフが行います。 ・申請は”Webform”をご利用下さい(学内のみアクセス可能)。  ●DNAシークエンス受託解析 Premixサービス利用申請_16sample以下  ●DNAシークエンス受託解析 Premixサービス利用申請_17samples以上  ●DNAシークエンス受託解析 Premixサービス利用申請_17samples以上_Excel用 ・要領に従い必要事項を記入し、確認ボタンを押すと確認画面になります。確認後、送信を押すと管理室宛にe-mailが送信されます。 ・申請の受付後、解析を開始する予定日をお知らせします。解析日に合わせてサンプルをお持ち下さい。解析日の指定はできません。 ・解析の順番は先着順となります。   申請→解析日確認→提出 の流れを守って下さい。 ・解析終了後、e-mailでデータを圧縮後添付して送信します。 ● 提出サンプルについて ・0.2µlの8連チューブで提出して下さい。 ・画像のように「申請者のアルファベット3文字」と「通し番号」を記入します。  [ ex. 田浦 > TAU ] ・端数がある場合でも8連チューブは切らずに提出して下さい。       ● 調製について ・各自の研究室での準備 ・サイクルシークエンスに使用するTemplateは精製済みのものを提出して下さい。 ・Template + Primer + H2O = 10µl となるよう、8連チューブに分注して下さい。 (10µlの反応系でサイクルシークエンスを行いますが、10µlの提出分のうち5µlを使用します。自動分注装置で行っており、チューブの種類によっては完全に吸えないことがあります。以下は5µlx2回分のようなイメージです。)  ex. pGEM32f(+)、Primer M13の場合     pGEM32f(+) 200ng/µl, [Continue]